CBMN - IECB Bordeaux

Nom de la plateforme
Institut de Chimie & Biologie des Membranes et des Nano-objets - Institut Européen de Chimie et de Biologie
Ville
Bordeaux
Adresse

Institut Européen de Chimie & Biologie
2 Rue Robert Escarpit,
33607 Pessac

Responsable scientifique
Dr. Antoine Loquet (Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.)
Responsable opérationnel
Mrs. Axelle Grélard (Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.)
Correspondant communication
Mrs. Estelle Morvan (Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.)
196 dsc1240 2021 01 28 31654 iecb infrastructures
L'institut de Chimie et de Biologie des Membranes et des Nano-objets (CBMN) est une unité mixte de recherche du CNRS (INC principal, INSB secondaire), de l’Université de Bordeaux et de l’Institut National Polytechnique de Bordeaux. L’institut CBMN est également associé à Bordeaux Science Agro. CBMN compte environ 200 personnes (50% permanents et 50% non-permanents). C'est un institut pluridisciplinaire et opère à l’interface entre la Chimie, la Biologie et la Physique en hébergeant 16 groupes de recherche réunis en quatre pôles thématiques: Chemical biology and Supramolecular chemistry (CBSC), Biomedical research, Fundamental and translational (BioFAP), Multiscales Biophysics (MSB), Nutraceutical, medical and Food applications of biomolecules (NMFAB).
 
 

L’Institut Européen de Chimie et de Biologie (IECB) est un incubateur d’équipes de recherche international à l'interface chimie-biologie, placé sous la tutelle conjointe du CNRS, de l’Inserm et de l’Université de Bordeaux.
Sa mission est de réunir les chimistes et les biologistes européens les plus prometteurs dans un environnement multidisciplinaire, afin de développer des programmes de recherche de haut niveau en collaboration avec des centres de recherche publics et privés. Une quinzaine d'équipes de recherche labellisées par un Conseil Scientifique International, soit près de 180 chercheurs, techniciens et étudiants, travaillent sur le site tous les jours.
Leurs expertises s’articulent autour de 4 axes de recherche : chimie bio-organique et chémobiologie, biophysique moléculaire, biologie structurale, biologie moléculaire et cellulaire.


iecbext

 

rmn 6

L'équipe de Bordeaux
Crédits photos : Marc Grémillon
 

Équipement

800 MHz

Champ magnétique
800MHz
Description
Applications Liquides, Solides et Matière Molle
Spécificités
Console : Bruker Avance NEO, 4 canaux, Station de travail : Environnement Linux, logiciel Topspin 4.X
Sondes de mesure

 

  • Cryosonde 5mm TCI 1H-13C/15N/2H avec gradient Z, (S/B =x), T=4-50 °C
  • Sonde solide 4mm, CPMAS 1H/2H/31P
  • Sonde solide 3.2mm, CPMAS 1H/13C/15N
  • Sonde solide 0.7mm, CPMAS 1H/2H/13C/15N
  • Sonde solide large bande 4 mm CPMAS 1H/BB

 

 

Expertises et services
  • Expériences de RMN en milieu liquide (toutes expériences multidimensionnelles y compris en milieu faiblement orientant)
  • Expériences en milieux mous, membranaires, colloïdaux ou cristaux liquides. Large bande, rotation à l’angle magique et échantillons orientés
  • Expériences MAS et fast MAS pour échantillons biosolides (agrégats, culots, protéines membranaires, cellules, paroi cellulaires)
  • Mise à disposition d'équipements avec ou sans assistance
  • Prestations de service
Autres équipements

La plateforme de RMN de l'IECB et CBMN, composée de 8 spectromètres permettant des analyses liquide ou solide, certifiée ISO9001 et NF X50-900 depuis 2017, offre une expertise pour des applications analytiques :

  • Domaine de la santé, biologie et biochimie :
    • Biologie structurale: acides nucléiques, protéines, interactions protéines-ligand
    • Neuroscience: amyloides, maladies Alzheimer, Parkinson, sclérose en plaques, maladies à prion
    • Virologie: HBV, HCV
    • Peptides et protéines en membranes lipidiques
    • Encapsulation principes actifs, interaction drug-cellule
    • Infections bactériennes, biofilms
    • Etudes de dispersions solides d’actifs lipophiles
  • Environnement :
    • Etude dépérissement de la vigne
    • Protection / traitement du vin
    • Etude du bois
  • Agroalimentaire:
    • Lipides dans matrices alimentaires et cosmétiques
    • Role des tannins dans la perception sensorielle du vin
  • Conception matériaux:
    • Chimie supramoléculaire
    • Matérieux élétrodes pour batteries

192 dsc1234 2021 01 28 31648 iecb infrastructuresUne partie de la plateforme RMN (crédit photo : Marc Grémillon)

 

700 MHz Bruker Avance NEO Liquide / Solide

Sondes de mesure :

  • TXI (1H, 13C, 15N, 2H), 5 mm, z-gradients BBO (109Ag – 31P, 1H, 2H), 5 mm, z-gradients
  • HRMAS (1H, 13C, 15N, 2H), 4 mm
  • MAS (1H, 2H, 31P), 4 mm, E-free
  • MAS (15N – 31P, 1H), 4 mm

600 MHz Bruker Avance NEO Solide

Sondes de mesure :

  • MAS (1H,13C,15N), 4 mm, E-free

  • MAS (1H,13C,15N), 3.2mm, E-free

  • MAS (1H, 13C, 15N, 2H), 1.3mm

  • MAS (1H, X), 4 mm

500 MHz Bruker Avance III Solide

Sondes de mesure :

  • MAS (1H, X), 4 mm

  • MAS (1H, 19F, X), 4 mm

  • MAS (1H, X), 1.3 mm

  • MAS (1H, X), 2,5 mm

400 MHz Bruker Avance III HD Liquide

Sonde de mesure :

  • SmartProbe (15N-31P, 19F, 1H, 2H), 5mm z-gradients

Passeur d'échantillons : Sample Case

300 MHz Bruker Avance III Solide

Sondes de mesure :

  • MAS (1H, X), 4 mm

  • MAS (1H, X, Y), 4 mm, hautes températures (< 300°C)

  • MAS (1H, X), 2.5 mm

300 MHz Bruker Avance II Liquide

Sonde de mesure :

  • BBFO (15N-31P, 1H, 2H), 5 mm, z-gradients

100 MHz Bruker Avance II Solide

Sonde de mesure :

  • CPMAS (X, Y), 4 mm

Publications

1 - Laurent Latxague, Sébastien Benizri, Alexandra Gaubert, James Tolchard, Denis Martinez, Estelle Morvan, Axelle Grélard, Ahmad Saad, Birgit Habenstein, Antoine Loquet, Philippe Barthélémy, Bolaamphiphile-based supramolecular gels with drugs eliciting membrane effects, Journal of Colloid and Interface Science, Volume 594, 2021, Pages 857-863, ISSN 0021-9797, https://doi.org/10.1016/j.jcis.2021.03.026

2 - Daskalov A, El Mammeri N, Lends A, Shenoy J, Lamon G, Fichou Y, Saad A, Martinez D, Morvan E, Berbon M, Grélard A, Kauffmann B, Ferber M, Bardiaux B, Habenstein B, Saupe SJ, Loquet A. Structures of Pathological and Functional Amyloids and Prions, a Solid-State NMR Perspective. Front Mol Neurosci. 2021 Jul 1;14:670513, https://doi.org/10.3389/fnmol.2021.670513

3 - Haidar, R., Yacoub, A., Vallance, J., Compant, S., Antonielli, L., Saad, A., Habenstein, B., Kauffmann, B., Grélard, A., Loquet, A., Attard, E., Guyoneaud, R. and Rey, P. (2021), Bacteria associated with wood tissues of Esca-diseased grapevines: functional diversity and synergy with Fomitiporia mediterranea to degrade wood components. Environ Microbiol, 23: 6104-6121. https://doi-org.inc.bib.cnrs.fr/10.1111/1462-2920.15676

4 - Structural and molecular basis of cross-seeding barriers in amyloids, Asen Daskalov, Denis Martinez, Virginie Coustou, Nadia El Mammeri, Mélanie Berbon, Loren B. Andreas, Benjamin Bardiaux, Jan Stanek, Abdelmajid Noubhani, Brice Kauffmann, Joseph S. Wall, Guido Pintacuda, Sven J. Saupe, Birgit Habenstein, Antoine Loquet, Proceedings of the National Academy of Sciences Jan 2021, 118 (1) e2014085118; DOI: 10.1073/pnas.2014085118

5 - The beginning and the end: flanking nucleotides induce a parallel G-quadruplex topology, Jielin Chen, Mingpan Cheng, Gilmar F Salgado, Petr Stadlbauer, Xiaobo Zhang, Samir Amrane, Aurore Guédin, Fangni He, Jiří Šponer, Huangxian Ju, Jean-Louis Mergny, Jun Zhou, Nucleic Acids Research 49 (16), 9548-9559. https://doi.org/10.1093/nar/gkab681

6 - Collie GW, Lombardo CM, Yo SH, Pulka-Ziach K, Gabelica V, Mackereth CD, Rosu F, Guichard G. “Crystal structures capture multiple stoichiometric states of an aqueous self-assembling oligourea foldamer”, Chem. Commun. (2021), 10.1039/D1CC03604A.

7 - Lends, A., Berbon, M., Habenstein, B. et al. Protein resonance assignment by solid-state NMR based on 1H-detected 13C double-quantum spectroscopy at fast MAS. J Biomol NMR (2021), https://doi-org/10.1007/s10858-021-00386-6

8 - Marquevielle J, Robert C, Lagrabette O, Wahid M, Bourdoncle A, Xodo LE, Mergny JL, Salgado GF. 2020. Structure of two G-quadruplexes in equilibrium in the KRAS promoter. Nucleic Acids Res. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa387

9 - Novel self-replicating α-synuclein polymorphs that escape ThT monitoring can spontaneously emerge and acutely spread in neurons.
De Giorgi F, Laferrière F, Zinghirino F, Faggiani E, Lends A, Bertoni M, Yu X, Grélard A, Morvan E, Habenstein B, Dutheil N, Doudnikoff E, Daniel J, Claverol S, Qin C, Loquet A, Bezard E, Ichas F. Sci Adv. 2020 Oct 2;6(40):eabc4364. doi: 10.1126/sciadv.abc4364

10 - Tandem NMR and Mass Spectrometry Analysis of Human Nuclear Membrane Lipids. Dazzoni R, Buré C, Morvan E, Grélard A, Gounou C, Schmitter JM, Loquet A, Larijani B, Dufourc EJ.
Anal Chem. 2020 May 19;92(10):6858-6868. doi: 10.1021/acs.analchem.9b05052

11 - The unprecedented membrane deformation of the human nuclear envelope, in a magnetic field, indicates formation of nuclear membrane invaginations. Dazzoni R, Grélard A, Morvan E, Bouter A, Applebee CJ, Loquet A, Larijani B, Dufourc EJ. Sci Rep. 2020 Mar 20;10(1):5147. doi: 10.1038/s41598-020-61746-0

12 - Structural dissection of amyloid aggregates of TDP-43 and its C-terminal fragments TDP-35 and TDP-16. Shenoy J, El Mammeri N, Dutour A, Berbon M, Saad A, Lends A, Morvan E, Grélard A, Lecomte S, Kauffmann B, Theillet FX, Habenstein B, Loquet A. FEBS J. 2020 Jun;287(12):2449-2467. doi: 10.1111/febs.15159